Susunan organisasi Badan Keuangan dan Aset Daerah Kabupaten Bantul, berdasarkan Peraturan Bupati Bantul Nomor 78 Tahun 2019, terdiri atas :
- Kepala Badan
- Sekretariat, terdiri atas :
- Sub Bagian Umum;
- Sub Bagian Program;
- Sub Bagian Keuangan dan Aset.
- Bidang Pelayanan dan Penetapan terdiri atas :
- Sub Bidang Pelayanan;
- Sub Bidang Pengolahan Data dan Informasi Pendapatan Daerah;
- Sub Bidang Pendataan, Penilaian dan Penetapan.
- Bidang Penagihan dan Pemeriksaaan,terdiri atas :
- Sub Bidang Penagihan;
- Sub Bidang Penelitian dan Pengembangan Pendapatan Derah;
- Sub Bidang Pengawasan, Pemeriksaan dan Keberatan;
- Bidang Anggaran,terdiri atas :
- Sub Bidang Perencanaan Anggaran;
- Sub Bidang Pengendalian Anggaran
- Bidang Perbendaharaan, terdiri atas :
- Sub Bidang Belanja Tidak Langsung;
- Sub Bidang Belanja Langsung;
- Bidang Akuntansi, terdiri atas :
- Sub Bidang Pembukuan; dan
- Sub Bidang Pengolahan Data dan Laporan;
- Bidang Aset, terdiri atas :
- Sub Bidang Inventarisasi dan Penghapusan;
- Sub Bidang Penilaian dan Optimalisasi; dan
- Sub Bidang Pengolahan Data dan Pengendalian
- Unit Pelaksana Teknis; dan
- Kelompok Jabatan Fungsional.